在德游学时期，是蔡元培潜心治学、辛勤笔耕的黄金期。他在这里进一步形成良好的西方学术修养，摄取各类学术精华，又以深厚的国学底蕴，形成了对东、西两大文明的独特认知，这为他后来回国后领导和革新全国性的文化教育事业，奠定了思想和学术基础。
蔡元培以“爬格子”的方式半工半读，在这一期间编著了《中学修身教科书》，编写了《中国伦理学史》，翻译了《伦理学原理》。这些著作奠定了蔡元培在中国学术和教育界的地位。
《中学修身教科书》共五册，前两册1907年12月初版，后三册1908年3月初版。
此书如蔡元培所说：“悉本我国古圣贤道德之原理，旁及东西伦理学大家之说，斟酌取舍，以求适合于今日之社会。”
早期的修身教科书，一类翻译自日本、欧美的修身与伦理教科书，重西学轻传统，未能很好地适应国情;另一类则为国人自编，几乎都是以传统经学为基础，固守忠孝仁义，缺乏先进的民主思想。对当时已经逐渐融入现代社会的中国教育来说，这两类修身教科书都显得很不适应。
因此，由上海商务印书馆出版的《中学修身教科书》，就显得格外引人注目。该书中西结合、兼容并包，一方面对中华传统伦理批判继承，另一方面对西方先进思想辩证吸收。其中对“愚孝愚忠”的批判，对儒家经学教义的扬弃，对公义、公理、公德，自由、平等、博爱等现代民主理念的提倡，都在一定程度上促进了国民文化启蒙和思想解放，也为后来民国修身教科书及公民教育教科书的编写树立了一个标杆。
“修身、齐家、治国、平天下”，这是传统儒家对于个人修身的最高要求，也是每个儒家子弟穷其一生来追逐的理想境界。蔡元培在编写《中学修身教科书》时，前四册书分别以“修己”、“家族”、“社会”和“国家”来命名。很显然，他希望中国人继续坚守“修齐治平”这个儒家伦理道德的理想。但在这个延续了两千年的“旧瓶”中，他是装了“新酒”的。
蔡元培在《中学修身教科书》第一册中，强调了修己的重要意义及要求。
他在《修己总论》中这样写道:“道德者。非可以猝然而袭取也。必也有理想、有方法。修身一科，即所以示其方法者也。夫事必有序。道德之条目。其为吾人所当为也同。而所以行之之方法。则不能无先后。其所谓先务者。修己之道是已。”
至于如何修己，他认为“凡道德以修己为本。而修己之道。又以体育为本
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