云南宣布独立后，即成立军政府。关于军政府都督的人选，蔡锷和唐继尧二公相互推让，由于蔡锷的坚持，最终推举唐继尧为军政府都督。
云南都督府成立后，唐继尧聘请前巡按使任可澄，前山东提学使陈荣昌为参赞。前国会议员赵藩、袁嘉穀及张耀曾等为参议。指派由云龙为秘书厅长、张子贞为参谋厅长、庾恩肠为军政厅长、陈廷策为民政厅长、丁光冠为司法厅长、陈钧为财政厅长兼盐运使。
军政府提出四项主张
一与全国国民戮力拥护共和国体，使帝制永不发生于中国；
二划定中央地方权限，俾各省民力能有自由之发展；
三建设名实相符的立宪政体，以适应世界潮流；
四以诚意巩固邦交，增进国际团体之资格。
同时申誓四点
一同人职责惟在讨袁，天助吾民，幸克有济，举凡建设之事当让贤能以明初志，个人权利思想悉予刬除；
二地无分南北，省无论甲乙，同此领土，同是国民，惟当量材程功，通力合作，决不参以地域观念，自启分裂；
三倒袁救国心理大同，但能助我张目，便当引为同志，所有从前党派意见，当然融消，绝无偏倚；
四五大民族同此共和，袁氏得罪民国，以成五族公敌，万众一心更无何等种族界限。
十二月二十五日，云南独立的消息到了北京后，袁世凯忿怒到了极点。他应该是清楚云南地理环境，对云南用兵不一定如平定二次革命那样顺利。
但他知道，必需使用雷霆手段，尽快解决云南问题。他不能不知道，自己的称帝有多少民意支持，一旦各地效仿和响应云南，弄不好局面可能失去控制。
于是，袁世凯于十二月二十九日下令，将唐继尧、任可澄、蔡锷免职。
“蔡锷等讨论国体发生之时，曾纠合在京高级军官，首先署名，主张君主立宪，嗣经请假出洋就医，何以潜赴云南，诪张为幻，反复之尤，当不至此。但唐继尧、何可澄既有地方之责，无论此项通电，是否受人胁迫，抑或奸人捏造，究属不能始终维持，咎有应得，开武将军唐继尧、巡按使任可澄，均着即行褫职，并夺去本官及爵位勋章，听候查办蔡锷行迹诡秘，不知远嫌，应着褫职夺官，并夺去勋位勋章，由该省地方官勒令来京，一并听候查办此令。”
还一厢情愿地下令第一师师长张子贞代理云南将军，第二师师长刘祖武代理云南巡按使，令他们就近押解蔡、唐等人
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