终章剑行天下
叶修以团藏的秘密要挟团藏，要求团藏不能干涉他在‘根’部中的所作所为，并且要求将‘根’部纳入暗部的统筹范围之中而不是独立为一部，团藏在修的要挟之下允诺了修的要求，但同时他也要求修在‘根’部之中的所作所为不能超出他所接受的范围，就是说，不能侵害到团藏的自身利益，修也答应了团藏的要求。\.qВ５。/
在此之后，修带着疾风开始了游历之路，他们二人游历各大国，从中体会人生的真正含义，而修也在游历之中受益非浅，并成功地将心魔的发作时间往后拖延了5年左右，而与此同时，更木元和旗木佑在木叶之中也没有放松，他们两人将重新找回来的‘根’部成员派遣出去隐藏于行脚忍者之中，而旗木佑也听从了修的安排，向三代火影提出退休的要求，随即不知所踪。
而修与疾风于5年之后返回了木叶，而在此同时，修的心魔再次发作，险些将疾风等人杀死，后得到苍龙与黑虎的援助，再次将心魔压制了下去，但黑虎与苍龙元气大伤，从而进入了睡眠状态，而修也不在意。在这段时间内，他见到了大蛇丸等人，如他所预料的一样，大蛇丸的身体并没有如修的将不属于人类的细胞压制下去，大蛇丸反而将这些不属于人类的细胞扩散到全身，从而获得了更为强大的力量，但他的灵魂也开始被白鳞吞噬，修对此也无可奈何，他根本没有办法去阻止这一切，也只好听天由命了。
而自来也的三位新徒弟也跟从自来也来看望修，修一时兴起，将一丝冰属性的查克拉注入了波风水门的身体之中，让他使用风遁的时候可以发挥一些意想不到的威力，而自来也也乘机要求叶修教授水门‘螺旋丸’，修也答应了。
纲手也找上门来，告之修关于那些细胞的培养工作已经完成了，并且可以将这些细胞移植进普通人的身体之中，但或多或少会起到些不良反应，而且威力并没有预期那么大，修感谢了纲手后将要求纲手将细胞组织交给更木元，同时为更木元做了眼部移植手术，移植了修手中的万花筒写轮眼。（在狐歧山一役中，更木元已经开启了写轮眼，而在对决雷影一役中将写轮眼开启到了三勾玉，在这五年内受到大蛇丸的以及后来返回木叶的修的摧残，当时在黑虎以及苍龙查克拉的冲击之下开启了万花筒写轮眼，但开启之中却是有些许变异）
而在3年头，水门毫无意外当上了四代火影，而大蛇丸不顾众人的意愿背叛了木叶并加入了‘晓’组织，而在这紧要关头，修收到了来自长门的信，并要求他出来一
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